تاريخچه تشكيل سازمان اوقاف و امور خيريه از تشكيلات اداري اوقاف در دوره صفاريان (245-290ه.) كه اولين سلسله حكومت ايرانيان پس از اسلام بوده است ، اطلاع دقيقي در دست نيست ، ولي در تشكيلات اداري دوره سامانيان ( 261-389ه.) از ديوان موقوفات و يا ديوان اوقاف نام برده شده كه به كار مساجد و اراضي موقوفه رسيدگي مي كرده است .
قبل از ايجاد ديوان اوقاف وظيفه اداره اوقاف به عهده قضات بوده است . در دوران صفويان ، امور اوقاف در ايران به روحانيون مورد نظر حكومت واگذار مي گرديد و متصدي اين مقام به نام صدرالصدور ، وزير اوقاف و مستوفي موقوفات خوانده مي شد .
همچنين در دوران زنديه وزارت موقوفات مسئول نظم و نسق مادي موقوفات و رونق و رواج امور مساجد و بقاع كثيرالارتفاع بوده است كيفيت اداره موقوفات در دوره قاجاريه مشخص نيست ولي در دوره سپهسالار يك سلسله اقدامات اصلاحي در جهت بهبود اوقاف ، انجام شده استپس از انقلاب مشروطيت و استقرار حكومت مشروطه در سال 1285 ش ، و تاسيس وزارت معارف و اوقاف و صنايع مستظرفه در سال1289ش امور موقوفات زير نظر وزارت مزبور اداره ميگرديد و مسئولين ادارات معارف در شهرستان ها عهده دار انجام امور موقوفات نيز بوده اند .تاريخچه
